Program studi Magister Kebijakan Publik Universitas Cenderawasih (Uncen) dibuka pada tanggal 23 April 2012 berdasarkan surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor: 134/E/O/2012, dimana pengelolaannya ada di bawah Program Pascasarjana Uncen berdasarkan Surat Keputusan Rektor Nomor 018/H 20/2010 pada tanggal 05 Maret 2010 Penyelenggaraan program studi Magister Kebijakan Publik Uncen. Program Studi Magister Kebijakan Publik bertanggungjawab langsung kepada Direktur Program Pascasarjana, Program Studi tersebut bernaung di bawah Program Pascasarjana, serta keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT), sehingga Program Studi Magister Kebijakan Publik memperoleh Akreditasi B. Untuk terakhir pembaharuan Visitasi yang secara langsung oleh Tim Asesor dari BAN-PT pada bulan November Tahun 2019 lalu.

Dalam rangka menunjang kualitas dan kuantitas Program Studi serta menghasilkan Sumber Daya Manusia yang mampu berdaya saing, profesional dan inovatif dalam bidang Kebijakan Publik sesuai Visi dan Misi Program Studi. Dan turut serta dalam pembangunan Nasional Republik Indonesia agar menjadi bangsa yang seutuhnya.