Struktur kurikulum Program Studi MKP terdiri atas tiga komponen dengan beban satuan kredit semester (SKS) sebagai berikut:

Fungsi komponen mata kuliah wajib bagi Program Studi MKP adalah untuk membekali para mahasiswa agar memperoleh wawasan profesional yang lebih luas melalui pengembangan kemampuan dasar oleh ilmu berkaitan dengan bidang profesi masing-masing. Sementara fungsi komponen mata kuliah kekhususan (pendukung) adalah membentuk dan memperkuat kemampuan dan keahlian sesuai dengan peminatan yang telah dipilih. Program Studi MKP diarahkan pada prioritas konsentrasi bidang keahlian dengan 3 (tiga) bidang konsentrasi yaitu: (1) Kependudukan dan Ketenagakerjaan; (2) Otonomi Daerah; dan (3) Tata Kelola Pemilu. Tesis kemampuan mahasiswa dalam penelitian dan pengembangan ilmu pada  bidang kebijakan publik sesuai ilmu yang telah dipelajari.

Kurikulum Program Studi  MKP Uncen mengacu pada Surat Keputusan Menteri No. 232/U/2000 tentang Pedoman Penyusunan Kurikulum Pendidikan Tinggi dan Penilaian Hasil Belajar Mahasiswa, Keputusan Menteri No. 045/U/2002 tentang Kurikulum Inti Pendidikan Tinggi Nasional, Peraturan Menteri No. 49 Tahun 2014 tentang Standar Pendidikan Nasional, dan SE Dirjen Tinggi No. 526.E.E3/MI/2014 mengenai Penjelasan Standar Nasional Pendidikan Tinggi, Peraturan Presiden No. 8 Tahun 2012 tentang Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia (KKNI) dan Permendikbud No. 73 Tahun 2013 tentang Penerapan KKNI Bidang Pendidikan Tinggi. 

Kemudian berdasarkan Surat Keputusan Rektor Universitas Cenderawasih terbaru atas pembaharuan Kurikulum Program Studi Magister Kebijakan Publik dengan Nomor SK 0358/UN20/KR/2022 tentang Kurikulum Program Studi Magister Kebijakan Publik (MKP) Pada Program Pascasarajana Universitas Cenderawasih