Program studi Magister Kebijakan Publik (MKP) Universitas Cenderawasih (Uncen) dibuka pada tanggal 23 April 2012 berdasarkan surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor: 134/E/O/2012, dimana pengelolaannya ada di bawah Pascasarjana Uncen berdasarkan Surat Keputusan Rektor Nomor 018/H 20/2010 pada tanggal 05 Maret 2010 Penyelenggaraan program studi MKP Uncen. Prodi Kebijakan Publik bertanggungjawab langsung kepada Direktur Pascasarjana, Prodi tersebut bernaung di bawah Program Pascasarjana, sistem tata pamong yang dikembangkan oleh Prodi Kebijakan publik Uncen berpatokan kepada kriteria Tata Pamong (governance).

Program Studi MKP Uncen telah mempunyai unsur unsur kelembagaan yang lengkap dengan adanya unsur pimpinan sebagai pengambil kebijakan, sekeretaris prodi, perangkat administrasi dan akademik baik tingkat manajerial hingga tingkat pelaksana, unit-unit pelaksana seperti ruang baca dan fasilitas lainnya secara terorganisasi sebagaimana dituangkan dalam struktur organisasi dengan selalu berupaya melakukan penerapan prinsip-prinsip good governance. Magister Kebijakan Publik (MKP) Uncen diarahkan menuju komunitas akademik dan pembelajaran (academic and learning community) yang mengutamakan prinsip-prinsip ilmu pengetahuan dan teknologi untuk meningkatkan daya saing.

Sistem tata pamong di Program Studi Magister Kebijakan Publik Universitas Cenderawasih telah menetapkan sistem tata pamong yang diharapkan semua program studi secara konsisten memenuhi aspek tata pamong yang baik (good governance) yaitu kredibel, transparan, akuntabel, bertanggung jawab dan adil.